《同济大学学报(自然科学版)》创刊于1956年，是由教育部主管、同济大学主办的一本综合性中文自然科学学术期刊（月刊）。期刊定位于中文母语表述的应用科学学术研究，发挥在理论研究和技术应用之间的桥梁作用，主要刊登土木建筑、交通运输、环境与节能、人工智能等工程建设方面的学术论文，为我国工程技术领域的科技创新和新技术应用提供最新的理论及实验研究成果。期刊目前被包括美国EI、Scopus等国际著名检索系统和《中国科技论文与引文数据库》、《中国科学引文数据库》等国内核心期刊数据库收录。
其前身可追述到1918年。当时的同济医工专门学校在校长阮尚介的提议下编辑出版了学校的第一本学报《同济》，为双月刊，黄胜白任总编辑。期刊分为三个部分：第一部分为内篇，“皆极新学术，所以供专家攻研者，其选材说理不厌高深”；第二部分为外篇，“凡其所说，但求可行，不为高论”，供一般国民阅读；第三部分为杂篇，包括记事、书信及新书介绍等。期刊出版后，被国内有关学者誉为“吾济之理想杂志”。新中国成立后，同济大学于1956年开始编辑出版《同济大学学报》，为自然科学学术季刊，1966年被迫停刊，1978年复刊，1995年起改为双月刊，1997年更名为《同济大学学报(自然科学版)》，2001年起改为月刊。
据2024年版中国科技期刊引证报告（核心版），期刊核心总被引频次为2696，在89种工程技术大学学报中名列第4； 据中国知网影响力统计分析数据库，期刊复合影响因子1.887。期刊多次被评为“中国最具国际影响力学术期刊”、“百种中国杰出学术期刊”、“中国高校精品科技期刊”、“华东地区优秀期刊”， 为中国科技期刊卓越行动计划第一期入选期刊。
主管单位：教育部
主办单位：同济大学
主编：李杰
出版单位：《同济大学学报（自然科学版）》编辑部
印刷：上海颛辉印刷厂有限公司
国内订购：全国各地邮政局
国内总发行：上海市邮政报刊发行局
国外总发行：中国国际图书贸易集团有限公司
国际标准连续出版物号：ISSN 0253-374X
国内统一连续出版物号：CN 31-1267/N
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